El escudo del estado procede del que se dio a la Noble y Leal Ciudad de Santiago de Querétaro por auto de fecha 29 de octubre de 1655; el cual resulta de las capitulaciones con las que se consiguió ese privilegio y en las que se explica el significado de las armas dadas a la ciudad: "... por la devoción que tiene tan grande a la santa cruz por haberse visto grandes milagros que ha hecho, le da y señala por armas a la dicha ciudad, un escudo grande dividido en dos cuerpos; el primero será en campo azul celeste, un sol y sobre sus rayos que sirvan de peana una cruz verde, y en cada lado una estrella, y por abajo de la dicha línea se pondrá división de dos partes, en la una se pintarán unas espigas de trigo doradas, y por lo fecundo de la tierra una vid, para cuyo tronco salga de un lado de las espigas y suba arriba como que las cubre con algunos racimos de su fruto, sobre campo blanco".El campo faltante y la forma final se definen cuando se da respuesta al proyecto de escudo presentado y se incluye en él "... por la devoción que va referida, el Señor Santiago armado, con su manto..." y sobre todo el conjunto, las armas del rey.
Al finalizar el Virreinato y una vez conformado el Estado, el escudo de armas se adoptó para todo el territorio y en él, las armas reales fueron sustituidas por el águila devorando una serpiente, insignia que se transformó hasta igualar la del escudo oficial mexicano.
